高新技術企業申報中的研發費用核對是一項關鍵且復雜的工作，需要確保財務報表、審計報告和納稅申報表中相關數據的一致性和準確性。

會計準則與稅收政策的差異：會計準則和稅收政策對研發費用的歸集范圍、扣除標準、折舊攤銷方法等方面規定不同。例如，會計準則允許將研發費用資本化，而稅收政策一般要求費用化；在折舊方面，會計準則和稅收政策對固定資產折舊的年限、方法、殘值率等規定存在差異，這些差異會導致同一研發項目在會計和稅務處理上產生不同的費用金額，從而影響財務報表和納稅申報表中的研發費用數據。

研發費用的跨期核算差異：由于會計年度和稅務年度的劃分，一些研發項目可能跨越多個會計年度和稅務年度，這就涉及到研發費用的跨期核算問題。如果企業在不同期間對研發費用的核算方法不一致，或者在跨期分攤時出現錯誤，就可能導致財務報表、審計報告和納稅申報表中的研發費用數據不一致。

費用分配方法的不一致：在存在多項研發項目或研發與非研發活動共同使用資源的情況下，需要將相關費用在不同項目或活動之間進行分配。如果企業在財務報表、審計報告和納稅申報表中采用的費用分配方法不一致，或者分配標準不明確、不合理，就會導致研發費用的分攤金額存在差異。

數據統計口徑的差異：財務報表、審計報告和納稅申報表中研發費用的數據來源和統計口徑可能存在差異。例如，財務報表中的研發費用可能包括企業內部研發部門的所有支出，而在納稅申報表中可能僅包括符合稅收優惠政策規定的研發費用；審計報告中對研發費用的審計范圍和重點可能與企業自身的核算范圍有所不同，這些都會導致數據不一致。